Program-program di Ma’had Ukhuwah Islamiyah bisa dibedakan menjadi dua: program reguler dan program non reguler. Program reguler adalah program yang pelaksanaannya bersifat rutin, intensif, dan kontinyu. Sedangkan program non reguler adalah program yang pelaksanaannya bersifat insidental ataupun rutin namun tidak intensif.

Program-program reguler Ma’had sampai dengan saat ini adalah:

1. Program Muqim Mahasiswa
2. Program Studi Islam
3. Program Bahasa Arab
4. Program Tahsinut Tilawah
5. Program Tahfidzul Qur’an

Sedangkan program-program non regulernya adalah:

1. Daurah, short course, seminar, dan pelatihan
2. Kajian umum pekanan
3. Tatsqif bulanan
4. Kuliah tamu
5. Kajian umum insidental

Program Muqim Mahasiswa (PM)

Program ini ditujukan untuk menggembleng secara intensif para peserta sehingga mereka akan memiliki bekal pemahaman keislaman yang memadahi, kepribadian yang islami, dan kemampuan untuk berdakwah.

Para peserta program ini adalah para mahasiswa muslim ITS yang lolos seleksi penerimaan. Sampai dengan saat ini, program hanya dikhususkan untuk mahasiswa putra. Selama mengikuti program ini, para peserta harus tinggal di asrama mahasiswa (sakan thullab) yang telah tersedia. Kajian-kajian rutin dalam program ini berlangsung setiap hari mulai Senin sampai Sabtu (Ahad libur), dengan mengambil waktu ba’da shubuh dan ba’da maghrib, masing-masing selama 1 – 2 jam. Kajian-kajian tersebut meliputi berbagai macam materi antara lain: Tafsir Al-Qur’an, Kajian Hadits, Aqidah Islam, Fiqih Islam, Tahsin Tilawah, Tahfizh Al-Qur’an, Bahasa Arab, Kajian Kontemporer, Latihan Ceramah, Manajemen Bisnis, dan lain-lain.

Persyaratan peserta: 1) mahasiswa muslim ITS (putra), 2) memiliki prestasi akademik yang baik, 3) bisa membaca Al-Qur’an dengan baik, 4) bisa menulis huruf Arab, 5) aktif dalam keorganisasian. Untuk mendaftar menjadi program ini, peserta harus mengisi formulir pendaftaran untuk selanjutnya jika memenuhi persyaratan akan dilanjutkan dengan tes masuk. Tidak ada biaya untuk pendaftaran. Untuk peserta yang diterima, selama masa belajar dikenakan biaya Rp. 50.000,- per bulan (sudah termasuk fasilitas asrama).

Setelah para peserta menyelesaikan proses pembinaan dalam program ini, mereka akan tergabung dalam Forum Alumni Asrama Ma’had Ukhuwah Islamiyah.

Program Studi Islam (PSI)

Program ini berlangsung selama 2 semester (1 tahun), dengan frekuensi belajar dua hari per pekan. Para peserta akan menerima empat materi (mata kuliah) yaitu: Al-Qur’an, Al-Hadits, Fiqih Islam dan Aqidah Islam.

Program Bahasa Arab (PBA)

Program ini berlangsung selama 2 semester (1 tahun), dengan frekuensi belajar dua hari per pekan. Program ini terdiri dari empat materi utama: muhadatasah (percakapan), muthala’ah (membaca), kitabah (menulis) dan tathbiq lughawi (akumulasi kemampuan bahasa).

Program Tahsin Tilawah (PTT)

Program ini berlangsung selama 1 semester, dan difokuskan untuk memperbaiki kualitas bacaan Al-Qur’an para pesertanya. Materi program meliputi makharijul huruf wa shifatuha, hukum-hukum tajwid, dan sebagainya.

Program Tahfizhul Qur’an (PTQ)

Program ini berlangsung selama 2 semester (1 tahun), dan difokuskan untuk kegiatan menghafal Al-Qur’an. Peserta akan dibimbing oleh seorang hafizh / hafizhah (penghafal Al-Qur’an) dalam usahanya menghafalkan ayat-ayat Al-Qur’an.

Catatan: Persyaratan untuk menjadi mahasiswa PSI, PBA, PTT, dan PTQ adalah: 1) minimal lulusan SLTA, 2) dapat membaca Al-Qur’an dengan baik, 3) mengisi formulir pendaftaran dengan membawa kopi ijasah dan KTP. Pendaftaran dibuka setiap semester. Khusus untuk PSI, PBA dan PTT, peserta dikenai biaya pendaftaran (sewaktu mendaftar) sebesar Rp.25.000,- dan biaya SPP sebesar Rp.25.000,- per bulan selama masa belajar. Adapun untuk PTQ, peserta tidak dikenakan biaya apapun (gratis).

Daurah, short course, seminar, dan pelatihan

Kegiatan-kegiatan ini biasanya dilaksanakan diluar Ma’had, dengan durasi satu sampai dua hari, dan bisa diikuti oleh umum dengan lebih dulu melakukan registrasi kepada panitia. Daurah-daurah yang selama ini biasa dilakukan antara lain: Daurah Aqidah Islam, Daurah Memahami Al-Qur’an, Daurah Memahami As-Sunnah, Daurah Fiqih Praktis, Daurah Fiqih Kontemporer, Daurah Tahsin Tilawah, Daurah Bahasa Arab, Daurah Menulis Khath Arab, dan sebagainya.

Seminar biasanya diadakan untuk membahas topik-topik tertentu dengan mengundang pembicara yang kompeten dalam topik tersebut. Ini biasanya diadakan secara insidental.

Kajian umum pekanan

Ini adalah kajian yang bertempat di Ma’had dan bisa diikuti oleh masyarakat umum. Jenis-jenis dan waktu kajian akan ditentukan oleh Ma’had, misalnya: Kajian Rabu Pagi, Kajian Kamis Pagi, dan Kajian Jum’at Pagi.

Tatsqif bulanan

Program ini bersifat terbatas dan hanya dilaksanakan sebulan sekali, dengan berbagai macam materi tsaqafah islamiyah (wawasan keislaman) dan tsaqafah da’awiyah (wawasan dakwah).

Kuliah tamu

Pada waktu-waktu tertentu, kami biasa mengundang tokoh atau ahli dalam satu bidang untuk memberikan kuliah tamu. Program ini biasanya terbuka untuk umum.

Kajian umum insidental

Ini adalah kajian umum, dengan pembicara yang ditentukan, dan bersifat insidental. Kajian ini bisa diikuti oleh masyarakat umum.